W 2001 gościnnie wystąpił w filmie Made, w którym wystąpił także jego wieloletni przyjaciel Vince Vaughn.
Kariera solowa (The Nightwatchman) Tom Morello występuje również jako solista pod pseudonimem “The Nightwatchman”, grając muzykę na gitarze akustycznej i śpiewając piosenki o polityczno-społecznym zabarwieniu. Pod tym szyldem wydał cztery płyty: One Man Revolution (2007), The Fabled City (2008), Union Town (2011) i World Wide Rebel Songs (2011). Dochód ze sprzedaży wydawnictwa Union Town muzyk przeznaczył na The America Votes Labor Unity Fund.
W 2016 roku Tom Morello wraz z Knife Party wydał singel „Battle Sirens”.
Działalność pozamuzyczna Axis of Justice Axis of Justice jest organizacją non-profit stworzoną przez Toma i Serja Tankiana (wokalistę System of a Down). Jej celem jest „pogłębianie współpracy muzyków, fanów muzyki i politycznych organizacji obywatelskich we wspólnej walce o sprawiedliwość społeczną”. Jej członkowie „chcą zbudować most pomiędzy fanami muzyki na całym świecie i lokalnymi organizacjami politycznymi, aby efektownie organizować pracę w kwestiach pokoju, praw człowieka i sprawiedliwości gospodarczej”. Organizacja walczy na przykład o prawa imigrantów i o zniesienie kary śmierci.