Niezależnie od intencji artysty wiele osób było zdania, że piosenka ta jest skierowana do nich, włączając w to Johna Lennona.
Poza Lennonem, za odbiorcę tej piosenki uważała się także dziennikarka „Daily Express”, Judith Simons. Wiele osób (w tym Lennon) wysuwało też hipotezy, że McCartney, mając problemy z Jane Asher, jego byłą partnerką, napisał Hey Jude jako podświadome „przesłanie dla siebie”. Kiedy Lennon wspomniał, że myślał, że „Hey Jude” została napisana dla niego, McCartney zaprzeczył, po czym powiedział Johnowi, że napisał piosenkę o sobie.
McCartney początkowo grał tę piosenkę dla swoich przyjaciół i innych muzyków, podobnie zresztą postąpił z „Yesterday”.
Nagranie The Beatles nagrali łącznie 25 kompletnych wersji tego utworu 29 i 30 lipca 1968 w studiu przy Abbey Road w Londynie. Najważniejszą zaplanowali jednak nagrać w Trident Studios, ze względu na to, iż tamtejsze pomieszczenie posiadało lepsze wyposażenie. Jedna z nich jest dostępna na 3. wydaniu Antologii zespołu. Najważniejsze elementy ścieżki nagrano w Tridencie 31 lipca. Producentem został George Martin. Stworzono cztery wersje utworu, za najlepszą uchodzi najwcześniejsza.