Natomiast na Noteci Górnej na odcinku od jeziora Gopło do Kanału Bydgoskiego prace regulacyjne przeprowadzono w latach 1878–1882. Doprowadziły one do budowy Kanału Górnonoteckiego wraz z 6 stopniami wodnymi, budowy dwóch śluz na Noteci, a także pogłębienia oraz wyprostowania koryta rzecznego poprzez przekopy o długości 30 km.
Od czasu uruchomienia drogi wodnej Wisła – Odra ranga Noteci urosła do najważniejszego szlaku transportowego północnej Wielkopolski. Po przebudowie szlaku w latach 1905–1915, po Noteci pływały barki o nośności ponad 500 ton. Upadek żeglugi towarowej na Noteci rozpoczął się w latach 80. XX w. Od lat 90. XX w. nie wykonuje się prac bagrowniczych, co doprowadziło do zamulenia dna i wstrzymania ruchu jednostek z ładunkami. Doszło do likwidacji firm żeglugowych, stoczni, portów, przystani i infrastruktury transportowej.
Nadzieje ożywienia ruchu żeglugowego na Noteci wiąże się od początku XXI wieku z rozwojem turystyki wodnej. W celu poprawy stanu środowiska i infrastruktury Noteci powstało w 2000 roku stowarzyszenie pod nazwą Związek Miast i Gmin Nadnoteckich (ZMiGN).