Pierwsza uważała, że można i warto zbudować koalicję z postkomunistami, druga, radykalna i o bardziej liberalnych poglądach, kierowana przez Viktora Orbána wykluczała jakąkolwiek współpracę z postkomunistami. W wyniku tego podziału doszło do rozłamu: dwaj wiceprzewodniczący i współzałożyciele partii Gábor Fodor i Péter Molnár opuścili Fidesz w 1993 r. i zrezygnowali z członkostwa wraz z ok. 500. innymi członkami – w większości przypadków przechodząc do Związku Wolnych Demokratów. W następnych wyborach, w maju 1994 na Fidesz zagłosowało 7 procent wyborców, co dało partii 20 mandatów.
Rządy 1998-2002 W kolejnych wyborach, w maju 1998 r. Fidesz zdobył 29% poparcia i największą liczbę mandatów. Wieloletni działacz partii Viktor Orbán został premierem. Rząd V. Orbána zakończyło zwycięstwo w wyborach 2002 roku Węgierskiej Partii Socjalistycznej, która utworzyła rząd wspólnie ze Związkiem Wolnych Demokratów.