W wyborach parlamentarnych w 1993 bez powodzenia ubiegał się o mandat poselski z listy Koalicji dla Rzeczypospolitej, a w wyborach w 1997 z ramienia Bloku dla Polski w województwie nowosądeckim (otrzymał odpowiednio 2239 i 695 głosów). W wyborach samorządowych w 1998 bez powodzenia ubiegał się o mandat radnego sejmiku małopolskiego z listy Akcji Wyborczej Solidarność. W wyborach parlamentarnych 25 września 2005 otwierał listę kandydatów Ligi Polskich Rodzin do Sejmu w okręgu częstochowskim, nie uzyskując mandatu. Bez powodzenia kandydował do Sejmu także w wyborach parlamentarnych 21 października 2007 z listy Prawa i Sprawiedliwości w okręgu nowosądeckim.
Od 21 listopada 2005 do 2 stycznia 2008 był podsekretarzem stanu w Ministerstwie Finansów, w tym od 28 listopada 2005 także szefem Służby Celnej. 19 listopada 2015 ponownie objął oba te stanowiska. 9 grudnia 2016 powołany na stanowiska sekretarza stanu w Ministerstwie Finansów, a także szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Obowiązki w KAS objął z chwilą jej powstania 1 marca 2017 (dzień wcześniej została zlikwidowana Służba Celna, a jej struktury wcielono do Krajowej Administracji Skarbowej). 4 czerwca 2019 prezydent Andrzej Duda powołał Mariana Banasia na stanowisko ministra finansów w rządzie Mateusza Morawieckiego. W konsekwencji ustąpił ze stanowiska szefa KAS.