Wykorzystując ten fakt, zamierzano proklamować niepodległe państwo litewskie. W miarę zbliżania się konfliktu niemiecko-sowieckiego jego działaniami coraz bardziej zainteresowane były hitlerowskie służby wywiadowcze, w tym Abwehra. Część członków LAF przeszło przeszkolenie dywersyjno-wywiadowcze, a następnie byli przerzucani na terytorium Litwy, co było częścią przygotowań do wojny z Sowietami. Szmuglowano także materiały propagandowe o charakterze antykomunistycznym oraz instruujące, jak należy postępować po wybuchu działań wojennych. Krótko przed wybuchem wojny niemiecko-sowieckiej LAF liczył ok. 36 tys. członków.
Po napaści Niemiec na ZSRR 22 czerwca 1941 r. na Litwie doszło do licznych wystąpień zbrojnych. Następnego dnia działacze LAF ogłosili niepodległość kraju. 24 czerwca powstał podziemny rząd, którego 4 członków zdążyli jeszcze aresztować Sowieci. Pod auspicjami LAF powstały oddziały partyzanckie, cieszące się poparciem ludności Litwy Kowieńskiej. Na ich stronę przeszła dość liczna grupa dezerterów z 29. Korpusu Terytorialnego Armii Czerwonej. Partyzanci atakowali wycofujące się oddziały sowieckie, likwidowali kolaborantów. Spektakularny sukces odnieśli w Kownie, gdzie dwa oddziały powstańcze w łącznej sile ok. 800 ludzi weszły do miasta i opanowały rozgłośnię radiową oraz budynki rządowe.