Nowy prezydent w czerwcu 1992 mianował Keïtę rzecznikiem rządu, a w listopadzie tego samego roku ambasadorem w Wybrzeżu Kości Słoniowej, Gabonie, Burkina Faso i w Nigrze.
W listopadzie 1993 Keïta został ministrem spraw zagranicznych i integracji afrykańskiej. 4 czerwca 1994 prezydent Konare powierzył mu funkcję szefa rządu, którą zajmował do 14 lutego 2000. Keïta objął także stanowisko przewodniczącego Sojuszu na rzecz Demokracji, a w 1999 został też wiceprzewodniczącym Międzynarodówki Socjalistycznej.
Nieporozumienia wewnątrz partii zmusiły Keïtę do ustąpienia ze stanowiska premiera 14 lutego 2000, a w październiku 2000 ze stanowiska szefa partii. Opuścił całkowicie szeregi partii i w czerwcu 2001 założył własne ugrupowanie, Zgromadzenie na rzecz Mali (Rally for Mali). 28 kwietnia 2002 wziął udział w wyborach prezydenckich. Zajął w nich trzecie miejsce, za Amadou Toumani Touré i Soumaïlę Cissé, uzyskując 21% głosów poparcia. W wyborach parlamentarnych w lipcu 2002 jego partia zdobyła najwięcej mandatów, a Keïta objął 16 września 2002 stanowisko przewodniczącego Zgromadzenia Narodowego, które zajmował do 3 września 2007.