Niedopuszczenie do sakry Kalińskiego miało również na celu ograniczenie święceń nowych prezbiterów, co przez powstanie braków kadrowych miało otworzyć drogę do działania duchownym sprzyjającym Cerkwi prawosławnej, inkardynowanym z innych diecezji. Kaliński prosił wówczas ordynariusza diecezji lwowskiej Spirydiona Litwinowicza o udzielanie święceń kandydatom diecezji chełmsko-bełskiej. Ten jednak odmówił wsparcia, licząc prawdopodobnie na unię personalną i przejęcie władzy w tejże diecezji.
W sprawie sakry Kalińskiego interweniował u władz rosyjskich również kardynał Giacomo Antonelli, który w nocie z 10 lutego 1865 zarzucił Rosji łamanie konkordatu z 1847.
23 września 1866 Jan Kaliński został aresztowany. Przed samym wywozem na zesłanie władze rosyjskie proponowały w Lublinie Kalińskiemu wolność, powrót na urząd i 10 tysięcy rubli pensji, pod warunkiem wycofania języka polskiego z seminarium i katechizacji oraz delatynizację obrzędów. Biskup nominat nie przystał na taki układ i został wywieziony do Wiatki, gdzie zmarł.