W tym czasie stanowił także areszt oraz magazyny i stajnie wojskowe.
W okresie międzywojennym mieściły się tu szkoły, po II wojnie światowej warsztaty (stolarnia), a od roku 1984 Muzeum Barwy i Oręża "Arsenał" (jako oddział Muzeum Zamojskiego), którego nazwę zmieniono w 2015 r. na obecną - Muzeum Fortyfikacji i Broni "Arsenał".
Fragment Starego Miasta obejmujący ten arsenał wraz z otaczającym go terenem (w tym niewielki, pobliski budynek dawnej prochowni oraz dawny bastion III) był w latach 2012-2014 przedmiotem miejskiej inwestycji, niezwykle ważnej, bo wprowadzającej znaczne zmiany w zagospodarowaniu oraz nadającej nowej kompozycji rewitalizowanej staromiejskiej dzielnicy, jaką był projekt o nazwie "Utworzenie Muzeum Fortyfikacji i Broni w obrębie Bastionu III i Arsenału w Zamościu"Fundusze unijne w Zamościu.
Po zakończeniu prac remontowych muzeum składa się z trzech części. W głównym gmachu - dawnym arsenale – dostępne są wystawy na parterze i pierwszym piętrze. Na parterze - z głównym wejściem do budynku, naprzeciwko budynku prochowni - można zobaczyć obiekty stałej ekspozycji, m.in. broń białą i palną, armaty oraz liczne rekonstrukcje innych zbrojeń z XVII wieku i makiety umocnień miasta.