Na siedliskach umiarkowanie wilgotnych i na wydmach występują sosnowe bory brusznicowe (Vaccinio vitis-idaeae-Pinetum), a sporadycznie również bory chrobotkowe. W miejscach takich jak obniżenia między wydmami oraz w nieckach deflacyjnych z zalegającymi płytkimi warstwami torfów wysokich rozwijają się bory bagienne, rzadziej zaś prawie pozbawione drzew torfowiska wysokie.
Słabo reprezentowane po polskiej stronie granicy torfowiska rozwinęły się w formie kompleksów torfowisk niskich, przejściowych i wysokich w skrajnie wschodniej, białoruskiej części puszczy tworząc tam specyficzny typ krajobrazu. Ponadto na obszarze puszczy, wokół większych miejscowości znajdują się wylesione i użytkowane rolniczo tereny tradycyjnie zwane tam polanami, jedną z nich jest Polana Białowieska z Białowieżą pośrodku.
Hydrologia i klimat mały|lewo|Miedna, niewielki dopływ Leśnej Prawej