W tym samym roku, Thompson zagrał rolę wstrętnego Niemca u boku Chevy’ego Chase’a i Steve’a Martina w komedii Johna Landisa Trzej Amigos (¡Three Amigos!, 1986). Pojawiał się następnie jako Nicholas Remy, potężny i wrogi wilkołak, w serialu grozy stacji FOX Werewolf (1987–1988).
Wystąpił w głównej roli w filmie akcji Freda Olena Raya Oddział Commando (Commando Squad, 1987), gdzie wcielił się w Clinta Jensena, amerykańskiego komandosa schwytanego i torturowanego przez meksykańskich przemytników narkotykowych. W kolejnym sensacyjnym dziele klasy „B”, Hired to Kill (1990), zagrał Franka Ryana, najemnika, który pod fałszywą tożsamością fotografa-geja ma za zadanie uwolnić przywódcę rebeliantów z pilnie strzeżonego więzienia. Pojawił się także w komediach romantycznych: Mela Brooksa Smród życia (Life Stinks, 1991) z Lesley Ann Warren i Joe Dirt (2001) jako Buffalo Bob z Christopherem Walkenem.
Na małym ekranie wystąpił między innymi w serialach: ABC Na wariackich papierach (Moonlighting, 1985), NBC Nieustraszony (Knight Rider, 1985), operze mydlanej CBS Falcon Crest (1987), CBS Star Trek: Następne pokolenie (Star Trek: The Next Generation, 1989) oraz telefilmie fantasy Hallmark/NBC Jazon i Argonauci (Jason and the Argonauts, 2000) z Jasonem Londonem jako muskularny siłacz Herkules.