Wczesne lata Aidid urodził się w 1934 w Beledweyne, w somalijskim klanie rodzinnym Habar Gidir, będącego częścią większej grupy Hawiye. Kształcił się w Rzymie i Moskwie. Służył w siłach włoskiej policji kolonialnej w 1950 roku. Później dołączył do somalijskiej armii narodowej. Doskonaląc swoje umiejętności wojskowe, Aidid studiował w Akademii Wojskowej Frunze w byłym ZSRR (Военная академия им. М. В. Фрунзе), elitarnej instytucji zarezerwowanej dla najbardziej wykwalifikowanych oficerów wojsk Układu Warszawskiego i ich sojuszników. W 1969 roku, w kilka dni po zabójstwie drugiego prezydenta Somalii Ali Abdirashid Sharmarke, junta wojskowa kierowana przez gen. Mohamed Siad Barre wszczęła bezkrwawy zamach stanu. Aidid służąc wtedy jako Szef Sztabu Armii w czasie puczu. Szybko popadł w niełaskę z liderami nowego systemu i został zatrzymany. Sześć lat później, Aidid został ostatecznie zwolniony z więzienia, aby móc wziąć udział w wojnie przeciwko Etiopii w latach 1977–1978 nad spornym regionem Ogaden. Później służył w gabinecie prezydenta Barre’a jako ambasador Somalii w Indiach, zanim ostatecznie został nominowany na szefa wywiaduSomali faction leader Aidid dies, CNN, August 2, 1996..