Systematyka Rodzinę wyodrębniła w 1918 roku para amerykańskich biologów – botanik i zoolog Gerrit Smith Miller oraz paleontolog James Williams Gidley – w artykule poświęconym streszczeniu grup superrodzajowych gryzoni, opublikowanym w czasopiśmie Journal of the Washington Academy of Sciences. Rodzaj Cuniculus wprowadził w 1762 roku francuski zoolog Mathurin Jacques Brisson w książce swojego autorstwa poświęconej klasyfikacji królestwa zwierząt. Brisson w swoim pierwotnym opisie nie wskazał gatunku typowego, w ramach późniejszego oznaczenia w 1998 roku ICZN na typ nomenklatoryczny wyznaczyła pakę nizinną (C. paca).
Etymologia Cuniculus: ‘królik’. Agouti: lub ‘aguti’, od tupi agutí, agoutí lub acutí ‘aguti’. Gatunek typowy (oznaczenie monotypowe): Mus paca . Coelogenus (Coelogenys, Caelogenus, Caelogenys, Caelogonus, Genyscoelus, Cologenis, Cuelogeruis): koilos ‘wydrążony, pusty’; γενυς genus, γενυος genuos ‘policzek’. Gatunek typowy (oznaczenie monotypowe): Coelogenus subniger (= Mus paca ). Paca: hiszp. paca lub ‘paka’, od tupi paka ‘paka’. Gatunek typowy (oryginalne oznaczenie): Paca maculata (= Mus paca ). Osteopera: gr. οστεον osteon ‘kość’;