W 1997 podpisał w imieniu SSIM separatystyczne porozumienie w Chartumie z rządem Umara al-Baszira (Khartoum Peace Agreement). Na jego mocy południowa część Sudanu uzyskała ograniczoną autonomię. Jej samorządność miała być realizowana w ramach powołanej w tym celu Południowej Rady Koordynacyjnej (Southern Coordinating Council), na czele której stanął Machar i która składa się głównie z jego sprzymierzeńców. Ruch Niepodległości Sudanu Południowego przekształcił się natomiast w Siły Obrony Sudanu Południowego (South Sudan Defense Forces, SSDF). Wojska rządowe w tym czasie w dalszym ciągu prowadziły walki z pozostałymi siłami rebeliantów, w tym z SPLA.

Współpraca Machara z rządem Sudanu nie układa się jednak dobrze. Obie strony oskarżały się nawzajem o łamanie warunków porozumienia. W 1999 doszło do pierwszych starć pomiędzy siłami rządowymi a SSDF, co skutkowało ich zbliżeniem z SPLA oraz współpracą w zakresie pozyskiwania broni. Ostatecznie w styczniu 2002 Machar połączył kierowane SSDF z SPLA i powrócił w jej szeregi.