W wyborach powszechnych w kwietniu 2010 zdecydował się kandydować na urząd prezydenta Sudanu Południowego, zamiast prezydenta całego Sudanu, czym raz jeszcze podkreślił swoje poparcie dla niepodległości regionu. Uzyskał reelekcję na stanowisku, uzyskując 93% głosów poparcia.
W referendum niepodległościowym, przeprowadzonym w styczniu 2011, 99% głosujących opowiedziało się za secesją od Sudanu i niepodległością prowincji. Zgodnie z porozumieniem pokojowym z 2005, kraj ogłosił swoją niepodległość 9 lipca 2011, a Kiir pozostał na stanowisku jego prezydenta.
15 grudnia 2013 spacyfikował wymierzony przeciw niemu zamach stanu zorganizowany przez lojalistów byłego wiceprezydenta kraju – Rieka Machara. Z czasem konflikt przerodził się w wojnę domową pomiędzy siłami rządowymi wspieranym przez plemię Dinków a bojówkami plemienia Nuerów. Wojna pochłonęła wiele tysięcy ofiar i przyniosła klęskę humanitarną. Pomimo podpisania porozumienia 9 maja 2014 w Addis Abebie, walki nie ustały. W lipcu 2015 roku na władze kraju spadła fala krytyki po tym, jak opublikowano raport ONZ opisujący makabryczne zbrodnie jakich mieli się dopuszczać żołnierze wierni prezydentowiSudan Południowy – najmłodsze państwo świata pogrąża się w chaosie, wp.pl, 2015-07-17..