Prace bazujące na analizie budowy molekularnej DNA chloroplastowego potwierdziły zagnieżdżenie tych drobnych rodzajów w obrębie innych przedstawicieli rodzaju Citrus, co więcej okazało się, że najwyraźniej także rodzaje Clymenia i Oxanthera zagnieżdżone są w obrębie kladu Citrus.
Z analiz filogenetycznych wynika, że rodzaj Citrus tworzą dwa duże klady. Do grupy gatunków o wspólnym pochodzeniu i występujących w południowej części zasięgu rodzaju należą: przedstawiciele drobnych rodzajów Microcitrus i Eremocitrus rosnący w Australii i na Nowej Gwinei, Oxanthera z Nowej Kaledonii, Clymenia z Nowej Irlandii oraz cytron (Citrus medica) i Citrus indica. W obrębie drugiej grupy cytrusów klad bazalny tworzy poncyria trójlistkowa (Poncyria trifoliata=Citrus trifoliata). Grupę siostrzaną dla pozostałych cytrusów tworzy dawny rodzaj Fortunella i Citrus halimii.
Synonimy taksonomiczne Afraurantium A. Chev., Aurantium Mill., Limon Mill., Pleurocitrus Tanaka
Przy szerszym ujęciu taksonomicznym rodzaju synonimami taksonomicznymi są także: