Zewnętrzna jej część (egzokarp, tu zwany flawedo) jest cienka, barwna i bogata w olejki eteryczne. Wewnętrzna część skórki (mezokarp, tu zwany albedo) jest biała, gąbczasta i bogata w kwas askorbinowy i pektyny. Wewnętrzna część owocni (endokarp) ma postać cienkiej błonki wyścielającej poszczególne komory rozrośniętej zalążni. Poszczególne cząstki owoców cytrusowych są zatem wypełnioną miąższem i nasionami komorą zalążni powstałą z pojedynczego owocolistka. Miąższ wewnątrz komory powstaje z wyrostków komórek wewnętrznej części owocni, tworzących błonkę. Wyrostki te (emergencje), maczugowatego kształtu, stłoczone, wypełniają gęsto wnętrze rozrośniętych komór i zawierają duże wakuole z sokiem komórkowym. Owoce długo dojrzewają na gałęziach, tak że często na jednym drzewie wiszą owoce w różnej fazie dojrzałości i równocześnie pojawiają się kolejne kwiaty. Nasiona okryte są gładką lub pomarszczoną łupina nasienną, często zawierają wiele zarodków, które podobnie jak liścienie są mleczno białe lub zielone, rzadko żółte.