W miarę posuwania się ze wschodu na zachód zmniejsza się ilość opadów. Na Wyżynie Parany roczna suma opadów wynosi ok. 2000 mm, w dolinie rzeki Paragwaj – od 1200 do 1400 mm, a w Chaco – od 700 do 1000 mm. W Chaco pora opadów przypada na miesiące letnie, w dolinie rzeki Paragwaj na miesiące zimowe, a we wschodnim Paragwaju deszcze padają w ciągu całego roku.
Główne rzeki: Paragwaj, Parana i Pilcomayo są na długich odcinkach granicami państwowymi. Długość rzeki Paragwaj na terytorium republiki wynosi 1280 km (ogólna długość 2200 km), a Parany 800 km (ogólna długość 4700 km). Pilcomayo (1 800 km) jest jedyną rzeką andyjską, która dopływa do rzeki Paragwaj. W dolnym biegu, w porze suchej, jej głębokość czasami nie przekracza 20 cm, za to w porze deszczowej dochodzi do 9 m. W zachodniej części Chaco występuje wiele źródeł warstwowych, powstałych wskutek zmniejszającej się miąższości warstw wodonośnych. Dają one początek licznym małym rzekom, które poza Rio Verde nie dochodzą jednak do rzeki Paragwaj, lecz giną po drodze w jeziorach i bagnach. Rzeki o takich samych źródłach, lecz położone bliżej rzeki Paragwaj, osiągają jej bieg (np. San Carlos, Rio Confuso).