II wojna światowa Obrona Mogilna przed niemieckimi najeźdźcami trwała 7 dni. Wraz z wkroczeniem do miasta oddziałów Wehrmachtu (11 września 1939) rozpoczął się dla żyjących tu Polaków czas represji i prześladowań. Za bohaterską obronę we wrześniu 1939 miasto odznaczono w 1984 r. Krzyżem Grunwaldu III klasy. W czasie obrony zginęło wielu Polaków. Straty niemieckie też nie były małe. Jeden z pocisków artyleryjskich trafił jadący do pożaru wóz strażacki należący do mogileńskich strażaków. Cała załoga samochodu zginęła. Po wkroczeniu Wehrmachtu rozstrzelano kilkadziesiąt osób, a dużą grupę innych wywieziono. Burmistrzem został mieszkający przed wojną w mieście Niemiec. W końcu stycznia 1945 roku do miasta wkroczyła Armia Czerwona.
PRL Już na początku 1945 roku Rosjanie przekazali miasto pod administracje polską. Okres do 1989 roku to dynamiczny rozwój miasta i wzrost liczby ludności. Do 1975 roku znajdowało się tu starostwo powiatu mogileńskiego (powiaty zniesiono w 1975). Przez większość czasu należało do województwa bydgoskiego.