Wody W bezpośrednim sąsiedztwie Mogilna mieści się Jezioro Mogileńskie. Przez centrum przepływa rzeka Panna, która swoje źródło ma w drugim jeziorze znajdującym się w okolicy miasta: Jeziorze Wiecanowskim.
Przyroda thumb|left|Park miejski Samo miasto otaczają niewielkie kompleksy leśne. Tereny są typowe dla pojezierza. Występują tu zróżnicowane zbiorniki wodne z otaczającą je zielenią. Środowisko jest bardzo czyste, gdyż w okolicy nie ma dużych zakładów przemysłowych. Okalające miasto obszary to głównie tereny rolnicze. W mieście i jego sąsiedztwie znajduje się też kilka pomników przyrody.
Zieleń miejska Mogilno posiada Park Miejski z wybudowanym w 2011 roku amfiteatrem, podświetlaną fontanną i placem zabaw. Przy ulicy Tadeusza Kościuszki znajduje się cmentarz. Park znajduje się w bezpośrednim sąsiedztwie jeziora mogileńskiego, co zostało wykorzystane przez władze samorządowe do stworzenia terenów do celów rekreacyjnych. Poza Parkiem Miejskim jest tu jeszcze kilka mniejszych parków i ogrodów.
Herb