Od 18 lutego 1985 do 31 sierpnia 1985 przyjął w swojej parafii uczestników protestu głodowego po zabójstwie ks. Jerzego Popiełuszki, zorganizowanego przez Annę Walentynowicz. Działalność ta spotkała się z prześladowaniem ze strony SB. Wybito wówczas szyby i zamalowano okna plebanii, przecięto opony w jego samochodzie, spalono garaż i otruto psy.
W 1986 wobec nacisków władz komunistycznych na kurię krakowską ks. Adolf Chojnacki został przeniesiony do parafii w Juszczynie. Tam rozpoczął odprawianie Mszy Świętych za Ojczyznę. W tym samym roku SB przygotowała zamach na jego życie, pozorując wypadek samochodowy.
W 1993 rozpoczął posługę duszpasterską wśród Polonii na rumuńskiej Bukowinie w diecezji Jassy z siedzibą w Serecie. W latach 1995–1997 pracował w Archidiecezji Lwowskiej na Ukrainie. Od 1995 r. wikariusz w Łucku oraz administrator parafii Ołyka i Cumań na Wołyniu, a w latach 1996–1997 proboszcz par. Krukienice i Myślatycze. W końcu 1997 r. powrócił do Polski i zamieszkał w Domu Księży w Makowie Podhalańskim.
Pochowany został w Juszczynie, gdzie jego grób znajduje się w centralnej części cmentarza.