Gleby Wielkiej Niziny Węgierskiej są na ogół bardzo urodzajne. W dolinach Cisy i Dunaju są to gleby powstałe z osadów rzecznych, w miejscach wyżej położonych są to stepowe czarnoziemy. Sporą część Niziny zajmują eoliczne piaski i lessy. Mało urodzajne są natomiast zasolone, alkaliczne gleby zwane szik, które wytworzyły się w miejscach otrzymujących najmniej opadów.
Pierwotną formacją roślinną wielkiej Niziny Węgierskiej był step, a w dolinach rzek – podmokłe lasy łęgowe. W wyniku działalności człowieka formacje te jednak prawie całkowicie zanikły. Dawne stepy położone na glebach urodzajnych stanowią obecnie grunty rolne. Ostatnie relikty roślinności stepowej stanowią obszary o glebach zbyt mocno zasolonych bądź zbyt suche, by obrócić je w grunty orne. Są one wykorzystywane jako pastwiska (węg. puszta), jednak wskutek unowocześniania gospodarki rolnej ich powierzchnia systematycznie maleje. W XIX wieku były charakterystycznym elementem krajobrazu Węgier, słynącym z hodowli bydła i koni. W drugiej połowie XX wieku zajmowały już tylko około 12% powierzchni Niziny.