Po napaści Niemiec na Polskę we wrześniu 1939 wyjechała wraz z mężem do Lwowa, gdzie zastał ją najazd sowiecki. Aresztowana przez NKWD w styczniu 1940Jej winą w oczach Sowietów była polskość oraz opowiadanie "Gałązka bzu" ze zbioru "Ludzie prawdziwi", opisujące prawdziwe wydarzenie rozstrzelania przez bolszewików działaczki Polskiej Organizacji Wojskowej w 1920 roku. Na Naglerową donieśli komunizujący polscy pisarze. Piotr Samolewicz, Zwycięstwo literatury nad totalitaryzmem. W 60. rocznicę śmierci Herminii Naglerowej, więziona była w więzieniu NKWD na Zamarstynowie, potem w więzieniu w Horodni. Skazana na osiem lat obozu koncentracyjnego, karę odbywała w łagrze w Burmie w Kazachskiej SRR. Pobyt w łagrze poważnie nadwątlił jej zdrowie.
Uwolniona w wyniku układu Sikorski-Majski, podjęła służbę w Polskich Siłach Zbrojnych w ZSRR (Armii Andersa) – w Pomocniczej Służbie Kobiet (oddział Prasy i Propagandy). Ewakuowana latem 1942 wraz z wojskiem polskim do Iranu, w randze porucznika, a potem kapitana WP przeszła cały szlak bojowy Armii Polskiej na Wschodzie i 2 Korpusu. W latach 1943–1946 była redaktorką czasopism wojskowych: Ochotniczka oraz Poradnik dla Świetlic i Świetliczarek.