Podobnie jak poprzednicy, rządził w imieniu ojca, który cierpiał na zaburzenia psychiczne (schizofrenia) i nie był w stanie sprawować władzy.
Najważniejszym dokonaniem Fryderyka VI w polityce wewnętrznej było zniesienie poddaństwa chłopów i nadanie im ziemi w wieczystą dzierżawę. Dla wielu duńskich historyków moment ten wyznacza początek historii nowoczesnego narodu duńskiego. W polityce zagranicznej zerwał z polityką neutralności Danii w okresie wojen napoleońskich. Zawarł sojusz ze Szwecją, Rosją i Prusami, mający na celu przełamanie angielskiej blokady i umożliwienie handlu z Francją. Doprowadził do konfliktu z Wielką Brytanią, zakończonego w 1801 bitwą morską pod Kopenhagą. Do kolejnego konfliktu doszło w 1807, kiedy to po odrzuceniu przez księcia ultimatum Brytyjczycy zagarnęli duńską flotę. Na mocy traktatu kilońskiego musiał przekazać Szwecji całość obszarów Norwegii.
Odznaczenia Order Słonia (z urodzenia) Order Danebroga (z urodzenia) Order Chrystiana VII (1774) Krzyż Wielki Orderu Świętego Stefana (Węgry)Hof- und Staats-Schematismus des österreichischen Kaiserthums. Wiedeń: 1824, s. 25