Z Nacionalem w 1991 roku Higuita wywalczył swoje pierwsze mistrzostwo Kolumbii, a w 1992 roku opuścił klub.
Higuita trafił do klubu hiszpańskiej Segunda División, Realu Valladolid. Tam rozegrał 15 meczów w lidze, jednak z czasem po paru błędach stracił miejsce w składzie Valladolidu i wrócił do ojczyzny.
Higuita po powrocie trafił jednak do więzienia, gdyż oskarżono go o udział w porwaniu zorganizowanym przez kartel narkotykowy. Działał wówczas w sprawie pomiędzy dwoma baronami Pablem Escobarem oraz Carlosem Moliną, gdy uczestniczył w uprowadzeniu córki tego drugiego. Za pomoc w dostarczeniu okupu René otrzymał 64 tysiące dolarów. Został skazany na 7 miesięcy pozbawienia wolności, przez co nie pojechał na Mistrzostwa Świata w USA.
René po powrocie do ojczyzny ponownie został graczem Atletico Nacional, z którym w sezonie 1994 został po raz drugi mistrzem kraju. W 1995 roku dotarł z tym klubem do finału Copa Libertadores i wystąpił w obu meczach z brazylijskim Grêmio Porto Alegre (1:3, 1:1). Wcześniej wsławił się swoją postawą w półfinale z River Plate, gdy w pierwszym meczu zdobył gola z rzutu wolnego, a w rewanżu w serii rzutów karnych obronił decydujący strzał jednego z piłkarzy River.