Prawie wszędzie panuje chłodny klimat górski z wyraźnie wykształconą piętrowością.
Andy tworzą barierę klimatyczną, która ogranicza wpływ Oceanu Spokojnego na klimat wnętrza Ameryki Południowej. Wzdłuż biegnie główny wododział kontynentu południowoamerykańskiego. Mają tam źródła: Amazonka, Colorado, Rio Negro, Chubut, Magdalena, a także liczne dopływy Orinoka, Amazonki i Parany. Niektóre rzeki, zwłaszcza w Andach Środkowych, mają charakter okresowy lub epizodyczny. Na terenie Andów występują liczne jeziora (głównie na terenie Andów Południowych).
Flora i fauna Na północy stoki Andów porośnięte są wilgotnym lasem równikowym, w którym rosną np. przedstawiciele Espeletia. Dla części środkowej charakterystyczne są formacje pustynne i półpustynne (tzw. puna); lasy porastają tę część Andów wyłącznie od strony wschodniej. Na śródgórskich wyżynach w miejscach pustynnych napotkać można solniska, np. na pustyni Atakama – występuje tam uboga roślinność, głównie słonorośla, kaktusy, z rzadka krzewy. Dalej na południe pojawiają się od strony oceanu zimozielone zarośla twardolistne, zaś po stronie kontynentu – stepy. Na obszarach nadmorskich, zalewanych podczas przypływów, rosną namorzyny. Powyżej 40°S występuje roślinność antarktyczna.