NSZ są często oskarżane o współpracę z Niemcami w końcowej fazie wojny, co wynika z działań niektórych ugrupowań (późniejszej rozłamowej Brygady Świętokrzyskiej NSZ-ONR/ZJ); w rzeczywistości były to działania sprzeczne z rozkazem numer 6/1943 komendanta głównego NSZ płk. Tadeusza Kurcyusza i za te działania Komenda Główna NSZ wydała wyrok śmierci. Oskarżane są również o antysemityzmJ. Tokarska-Bakir, Sprawiedliwi z Giebułtowa. NSZ w walce z Żydami, Instytut Slawistyki PAN, s. 1.
W marcu 1944 r. doszło do scalenia NSZ z AK, ale nie objęło ono całości struktur NSZ. Niektóre jednostki NSZ nie podporządkowały się legalnym władzom RP na uchodźstwie w Londynie i nie weszły w skład Polskiego Państwa Podziemnego, prowadząc bratobójcze walki z innymi polskimi formacjami partyzanckimi. Po marcu 1944 r. obok właściwego NSZ istniała więc druga organizacja używająca nazwy NSZ. Ponieważ wywodziła się ona z dawnego Związku Jaszczurczego, a jej zaplecze polityczne z dawnego Obozu Narodowo-Radykalnego, dla odróżnienia ta część nazywana jest NSZ-ZJ lub NSZ-ONR, zaś część scalona NSZ-AK. Gdy w styczniu 1945 r. działacze Stronnictwa Narodowego powołali nową organizację: Narodowe Zjednoczenie Wojskowe (NZW), w jej skład weszły oddziały NOW-AK i NSZ-AK.