Rozgrywka Gracz ma do dyspozycji trzy kampanie, w których kieruje kolejno Rzymianami, Egipcjanami i Azjatami (w dodatku do gry znalazła się również czwarta kampania, w której gracz kontroluje naród Amazonek). W większości misji należy rozwijać ekonomię osady/osad, rozbudować armię, a następnie podbić osady przeciwników (broniąc jednocześnie swojej osady). Podboju dokonuje się, zdobywając wszystkie wrogie fortyfikacje. W niektórych misjach wystarczą mniejsze dokonania, na przykład pokonanie tylko jednego z kilku przeciwników, zajęcie wyznaczonego terytorium czy też wykonanie jakiegoś zadania ekonomicznego (na przykład zgromadzenie określonej ilości danego towaru).
W The Settlers III gracz wykorzystuje środowisko naturalne do budowy gospodarki. Na przykład w górach gracz może wydobywać surowce, a drewno pozyskuje się poprzez eksploatację lasów. Surowce są wymagane do postawienia budynków wspomagających rozwój osady. Każda nacja ma charakterystyczne dla siebie budynki.