Czasem słów „bakterie” i „prokarionty” używano zamiennie.
W końcu XX wieku badania molekularne przyniosły kluczowe informacje dla zrozumienia przeszłości ewolucyjnej prokariontów i dowiodły parafiletycznego charakteru tej grupy organizmów. Okazało się, że odkryte w latach 70. XX wieku archeowce są równie odległe od bakterii, jak od eukariontów, a pod pewnymi względami nawet bliższe tym ostatnim (patrz intron). Obecnie taksonomowie wydzielają w ślad za propozycją Woesego (1990): bakterie, archeowce i eukarionty w odrębne taksony, przy czym dwa ostatnie tworzą wspólny klad, tj. zakłada się, że posiadały wspólnego przodka.
Budowa komórki
thumb|200px|1-Kapsuła, 2-Ściana komórkowa, 3-Błona komórkowa, 4-Cytoplazma, 5-Rybosomy, 6-Mezosom, 7-DNA, 8-Wić Komórka organizmu prokariotycznego jest zazwyczaj znacznie mniejsza od komórki eukariotycznej i nie zawiera jądra, wakuoli, siateczki endoplazmatycznej, aparatu Golgiego, centrioli, wrzeciona podziałowego, mitochondriów ani chloroplastów, czyli struktur charakterystycznych dla eukariontów.