Franciszek i Izabela doczekali się 12 dzieci, z których tylko czworo dożyło do wieku dorosłego. Ferdynand (1850), Izabela, księżna Asturii (1851–1931), Maria Krystyna (1854), Alfons XII (1857–1885), Maria de la Concepcion (1859–1861), Maria de Pilar (1861–1879), Maria de la Paz (1862–1946), Franciszek de Asis (1863), Eulalia de la Piedad (1864–1958). Istniały liczne spekulacje, że część lub wszystkie dzieci Izabeli II mogły nie być biologicznymi potomkami Francisca de Asís. Pogłoski te wzmacniały doniesienia, jakoby Francisco de Asís był homoseksualistą lub impotentem. Mimo to uznał on wszystkie dzieci, a następnie – według niektórych źródeł – miał szantażować królową, domagając się pieniędzy w zamian za zachowanie milczenia. Szantaż ten miał trwać i nasilać się również w okresie wygnania Izabeli. mały|Portret konny królowej Izabeli II Hiszpanii, której towarzyszy jej mąż, Francisco de Asís de Borbón.