97–102., będący autorem projektów fasady, kopuły i wystroju wnętrza.
Uroczystej konsekracji kościoła dokonano 8 lipca 1635 roku. Po kasacie zakonu jezuitów w 1773 roku kościół i kolegium znalazły się w gestii Komisji Edukacji Narodowej, która przekazała te budowle uniwersytetowi krakowskiemu, a później, w roku 1786 oo. cystersom z Mogiły. W latach 1809–1815 świątynia funkcjonowała jako cerkiew prawosławnaK. Bąkowski, Kronika Krakowska 1796-1848, cz. 1, „Biblioteka Krakowska nr 36”, s. 104.. Od 1830 roku służy parafii Wszystkich ŚwiętychJoanna M. Dziewulska, Prace „reparacyjne” i restauracyjne kościoła śś. Piotra i Pawła w Krakowie w XIX wieku, „Rocznik Biblioteki Naukowej PAU i PAN w Krakowie”, R. 53: 2008, s. 259-282.. Po restauracji kopuły w latach 1822–1825 prowadzonej z budżetu Wolnego Miasta Krakowa, przeniesiona została do kościoła parafia Wszystkich Świętych (uroczystość odbyła się 8 sierpnia 1830 r.). W roku 1899 rozpoczęta została kompleksowa konserwacja kościoła, którą prowadził architekt Zygmunt HendelJoanna M. Dziewulska, Wokół restauracji kościoła śś. Piotra i Pawła w Krakowie, „Rocznik Biblioteki Naukowej PAU i PAN w Krakowie”, R. 54: 2009, s.239-275.. Objęto nią: kopułę z latarnią (1899–1901, 1906–1907), fasadę (1901–1907), dachy (1900, 1902–1908), wnętrze kościoła (1907–1916), schody przy ogrodzeniu.