W drugiej rundzie 32 zespoły zostały podzielone na osiem grup po cztery drużyny. Udział wzięło 22 zwycięzców pierwszej rundy oraz 10 zespołów z pierwszych dziesięciu miejsc ekstraklasy sezonu 2003/2004. Osiem pierwszych drużyn I ligi sezonu 2003/2004 było rozstawionych i każda z nich trafiła do innej grupy. Na tym etapie PP obowiązywała zasada mecz i rewanż. Do 1/8 finału awansowały po dwa najlepsze zespoły z każdej grupy. Od tego momentu obowiązywał system play-off (dwumecz). W finale rozegrane zostały dwa spotkania, na stadionach obu finalistów.
Do Pucharu UEFA kwalifikuje się tylko zdobywca PP, a nie jak dotychczas w przypadku, kiedy zdobywca trofeum wygrywał także ligę – finalista PP.
Runda wstępna Mecze zostały rozegrane 24 lipca 2004.
Lechia Gdańsk – Jagiellonia II Białystok 2:2, k. 4:2 (Wasicki 23' Melaniuk 25' - Onofryjuk 31' Łoszakiewicz 89') Burza Gręboszów – Gawin Królewska Wola 0:2 (Janus 72' Wójcik 90'k.) Polonia Słubice – Odra Chojna 1:2 dogr.