W latach 1972–2005 w synagodze nie prowadzono żadnych poważniejszych prac renowacyjnych.
W marcu 2005 biblioteka została przeniesiona do nowej siedziby, a budynek odzyskała społeczność żydowska. Od tego czasu rozpoczęły się żmudne prace renowacyjne, prowadzone pod nadzorem Fundacji Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego. Od maja 2005 roku do 2008 roku synagoga była udostępniona zwiedzającymAktualności Zamość 2005-05-10 - Fundacja Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego.
Planuje się aby w synagodze mieściło się Muzeum Żydów Zamościa i Zamojszczyzny oraz lokalne centrum edukacyjne, zajmujące się organizacją m.in. imprez kulturalnych, wystaw, koncertów, prelekcji, warsztatów i innych. Pierwszą taką imprezą były III Zamojskie Spotkania KulturAktualności Zamość 2005-07-05 - Fundacja Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego, zorganizowana przez zamojski oddział Polskiego Towarzystwa Ludoznawczego, która również opiekuje się bożnicą.
Wkrótce pojawił się również problem, związany ze sprzedaniem domu kahalnego oraz przedsionka prywatnym osobom. Poprzez to blokowane jest główne wejście, a zobaczenie kamiennego portalu jest nie do zrealizowania.