Poza departamentami funkcjonowało Biuro Prezydialne i Komitet Gospodarczy. Departamenty (według regulaminu ministerstwa zatwierdzonego przez Ministra byłej Dzielnicy Pruskiej 6 listopada 1919 r.): Departament Centralny Departament Polityczny Departament Sprawiedliwości Departament Spraw Wewnętrznych Departament Rolnictwa i Dóbr Państwowych Departament Skarbu Departament Przemysłu i Handlu Departament Kolei Żelaznych Departament Poczt i Telegrafów Departament Pracy i Opieki Społecznej Departament Robót Publicznych Departament Aprowizacji Departament Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego Departament Kultury i Sztuki Departament Zdrowia Publicznego
Nie wszystkie departamenty funkcjonowały od początku istnienia ministerstwa. Nie wszystkie też funkcjonowały do jego likwidacji, ulegały zniesieniu w miarę unifikacji struktur ministerstwa z resztą kraju.
Pozycja i zadania Ministra byłej Dzielnicy Pruskiej Ustrojową pozycję ministra określiła ustawa sierpniowa tworząca ministerstwo.