Zimą 1998 Serna zmienił klub i przeszedł do jednego z najbardziej utytułowanych klubów na kontynencie, argentyńskiego Boca Juniors. W Primera División zadebiutował 25 lutego w wygranym 4:2 wyjazdowym meczu z Newell's Old Boys. Zagrał w 8 meczach, strzelił 1 gola i z Boca zajął dopiero 6. miejsce w fazie Clausura. W sezonie 1998/1999 Serna był czołowym graczem Boca i po rozegraniu 30 meczów i zdobyciu w nich 1 gola, wygrał z tym klubem zarówno fazę Apertura jak i Clausura. Połowę sezonu 1999/2000 stracił z powodu kontuzji i zagrał raptem w 13 meczach. Nie wystąpił także w finałowych meczach Copa Libertadores, w których "Xeneizes" okazali się lepsi w dwumeczu od SE Palmeiras. Sezon 2000/2001 Boca już ze zdrowym Serną w składzie rozpoczęło od wygranej w Pucharze Interkontynentalnym 2:1 z Realem Madryt. Następnie wygrało fazę Apertuta, a w Clausura zajęło 3. miejsce. Powtórzyło także sukces sprzed roku wygrywając po raz drugi z rzędu Copa Libertadores (Serna grał w drugim meczu finałowym z meksykańskim Cruz Azul).