Dalsze dzieje thumb|Eduard Gurk, Koronacja Ferdynanda I na króla Czech. Widoczny barokowy ołtarz główny thumb|Witraż Alfonsa Muchy Po śmierci Petera Parlera przez pewien czas prowadzili prace przy budowie katedry jego synowie Wacław i Jan, ale budowa została generalnie wstrzymana i w tej postaci przetrwała pięć wieków. Jedyne poważniejsze zmiany, jakie w tym czasie się w niej dokonały dotyczyły budowy tzw. empory Władysława przez Benedykta Rejta za panowania Władysława Jagiellończyka, budowy mauzoleum królewskiego w latach 1566–1589 oraz wystawienia w XVIII w. nagrobka św. Jana Nepomucena. W tymże stuleciu wieża południowa otrzymała obecny późnobarokowy hełm. Próby kontynuowania budowy katedry kilkakrotnie podejmowano – za Władysława Jagiellończyka rozpoczęto stawianie gotyckiej nawy, za Leopolda I położono kamień węgielny pod budowę barokowego korpusu nawowego, kolejne projekty powstawały w XVIII i XIX w. Rozbudowę rozpoczęto na dobre dopiero w 1872. Pracami kierowali architekci neogotyku - Josef Kranner, który wraz z kanonikiem Václavem Pešiną byli inicjatorami ukończenia prac budowlanych, następnie Josef Mocker. Po jego śmierci (1899) kompetencje te przejął architekt Kamil Hilbert.