Urodzony w Prażmowie, był synem Andrzeja Prażmowskiego - kasztelana warszawskiego i Jadwigi Zofii Kożuchowskiej herbu Doliwa, bratem prymasa Mikołaja Prażmowskiego, bratem biskupa łuckiego Franciszka Michała oraz bratem Wojciecha Remigiana. Najpierw piastował urząd miecznika, a następnie podstolego płockiego. Dzięki protekcji i wpływom brata Mikołaja został w 1661 chorążym nadwornym koronnym. Należał do zwolenników króla Jana Kazimierza. W 1665 należące do Samuela starostwo krzepickie zostało zrujnowane przez rokoszan Lubomirskiego. W 1669 roku był elektorem Michała Korybuta Wiśniowieckiego z ziemi czerskiejPorządek na seymie Walnym Electiey. Między Warszawą a Wolą przez opisane artykuły do samego tylko aktu Elekcyey należące uchwalony y postanowiony, roku [...] 1669 [słow.] dnia wtorego [...] maia, [b.n.s.]..
W 1669 na sejmie koronacyjnym Michała Korybuta Wiśniowieckiego otrzymał urząd wojewody płockiego. W 1672 został wysłany do Francji na rozmowy o kandydaturze francuskiej w związku z przygotowywana detronizacja króla. Płocka szlachta ostro wystąpiła przeciw swojemu wojewodzie. W obozie pospolitego ruszenia pod Gołębiem skazano go na utratę urzędów i konfiskatę dóbr dziedzicznych.