W 1989 w rekomendacjach miejskiej Komisji ds. Nazewnictwa Ulic znalazły się między innymi propozycje nazwania ciągu imieniem Janusza Korczaka lub Jana Pawła II. Obecną nazwę nadano uchwałami trzech warszawskich rad dzielnic-gmin: Warszawa-Wola z dnia 2 października 1990Uchwała Nr VI/33/90 Rady Dzielnicy-Gminy Warszawa Wola z dnia 2 października 1990 r. w sprawie: zmiany nazwy ulic., Warszawa-Śródmieście z dnia z dnia 6 listopada 1990Uchwała nr 47/XVIII/90 Rady Dzielnicy Warszawa-Śródmieście z dnia 6 listopada 1990 r. w sprawie zmian nazwy ulic. oraz Warszawa-Żoliborz z dnia 6 października 1993Uchwała nr 356/X/93 Rady Dzielnicy-Gminy Żoliborz w Warszawie z dnia 6 października 1993 r. w sprawie: zmiany nazwy ul. Juliana Marchlewskiego na al. Jana Pawła II.Według miało to miejsce w październiku 1993..
Rada m.st. Warszawy dokonała uchwałą z dnia 30 sierpnia 2012 korekty redakcyjnej nazwy żoliborskiego odcinka arterii z al. Jana Pawła II na aleja Jana Pawła II, zaś uchwałą z dnia 8 listopada 2012 skorygowała nazwę wolskiego odcinka arterii z aleja Jana Pawła II-go na aleja Jana Pawła II. Nazwa śródmiejskiego odcinka nie uległa zmianie.