W kruchcie znajduje się jeden z trzech marmurowych portali, którymi ozdobiona została barokowa świątynia.

Wyposażenie kościoła W ołtarzu głównym wykonanym w 1713 przez Krzysztofa Peuckera znajduje się obraz M.B. Stoczkowskiej (kopia obrazu „Salus Populi Romani” z Rzymu) sprowadzony tu przez biskupa Mikołaja Szyszkowskiego. Obraz jest okryty srebrną sukienką z 1687 r. Na obrazie zawieszone są bursztynowe korale – wotum kardynała Stefana Wyszyńskiego. W lewym ołtarzu znajduje się obraz św. Anny Samotrzeciej ozdobiony także metalową sukienka i koronami na początku XVIII w. W prawym ołtarzu bocznym znajduje się obraz św. Franciszka. W kościele jest również okryty srebrną sukienką obraz św. Antoniego (z prawdziwym wizerunkiem), sprowadzony z Włoch w 1695 r. Na uwagę w świątyni zasługuje wykuta z żelaza w 1738 r. przez kowala z Dobrego Miasta ambona. Ozdobą kościoła jest także chór z organami w pierwotnej formie z 1695 r. Współczesną ozdobą kościoła jest epitafium kardynała Stefana Wyszyńskiego poświęcone przez prymasa Józefa Glempa w 1982 r. Pod posadzką kościoła znajdują się krypty, gdzie spoczywa m.in. kasztelan kijowski Stanisław Potocki – brat biskupa Potockiego.