Za ściąganie pornografii dziecięcej, robienie zdjęć dzieciom i rozsyłanie tych materiałów e-mailami na adresy internetowe amerykańskich serwerów otrzymał karę półtora roku więzienia. Za przechowywanie na swoim komputerze dziecięcej pornografii otrzymał rok więzienia. Dodatkowo sąd nałożył na niego środek karny w postaci zakazu wykonywania zawodu psychologa przez okres lat dziesięciu.
7 grudnia 2007 r. Sąd Okręgowy w Warszawie uchylił wyrok skazujący Samsona, ponieważ prokurator w dwóch sprawach oskarżył go o molestowanie tego samego dziecka, i skierował sprawę do ponownego rozpatrzenia w sądzie rejonowym. Nie uchylono aresztu.
21 stycznia 2009 r. sąd uchylił areszt wobec Andrzeja Samsona z powodów zdrowotnych (niewydolność nerek), uznawszy jego stan zdrowia za na tyle poważny, że konieczne było leczenie poza aresztem.