26 czerwca 2004 r. został zatrzymany po tym, jak na śmietniku przy jego domu na warszawskim Mokotowie znaleziono kilkaset zdjęć z dziecięcą pornografią. Powiązano je z psychologiem m.in. na podstawie ręki widocznej na zdjęciach. Po przeszukaniu jego mieszkania policjanci znaleźli kolejne zdjęcia oraz filmy na płytach CD.
26 czerwca 2005 r. rozpoczęło się postępowanie przed Sądem Rejonowym dla Warszawy-Mokotowa. Prokurator w akcie oskarżenia zarzucał mu, że w okresie od 1999 r. do początku 2004 r. wielokrotnie doprowadzał małoletnich (leczonego przez niego chłopca i dziewczynkę) poniżej 15 lat do poddania się „innej czynności seksualnej”, utrwalał i rozpowszechniał za pomocą Internetu dziecięcą pornografię oraz przechowywał ją na swoim komputerze.
Andrzej Samson nie przyznał się do winy, z wyjątkiem zarzutu utrwalania treści pornograficznych. Bronił się twierdząc, że opracował nowatorską terapię, która przyczyniłaby się do wyprowadzania dzieci z autyzmu. W artykule Wróblewskiego, podsumowującym proces z 2007 r., jest napisane Słowo „potwór” jest najłagodniejszym z tych, jakimi obdarzyły go tabloidy. Tymczasem o zarzutach, dowodach niewiele było wiadomo. Śledztwo, a potem proces toczyły się tajnie ze względu na dobro dzieci. W wywiadzie z Bogdanem Wróblewskim Andrzej Samson powiedział m.in. Posługiwałem się m.in.