Po śmierci stryja Marcina, który przeszedł w międzyczasie na biskupstwo krakowskie, przez dwa lata zarządzał diecezją krakowską.
Podpisał pacta conventa Władysława IV Wazy w 1632 rokuPorządek Na Seymie Walnym Elekcyey, miedzy Warszawą a Wolą, Przez opisane Artykuły, do samego tylko Aktu Elekcyey należące, vchwalony y postanowiony. Roku Pańskiego, M. DC. XXXII. Dnia 27. Września, s. 17.. W 1632 roku został członkiem kapituły warmińskiej, a ze wskazania króla Władysława IV w 1633 roku wybrano go na biskupa warmińskiego. Diecezję objął w Lidzbarku, ponieważ Frombork zajęty był przez Szwedów. Szyszkowski na zakończenie wojny ze Szwecją ufundował w Stoczku Klasztornym kościół w kształcie rotundy.
W 1635 roku, natychmiast po odzyskaniu Braniewa po wojnach ze Szwedami, z własnych środków wznowił funkcjonowanie Seminarium Duchownego w Braniewie. Z jego polecenia wprowadzono, oprócz filozofii, również nauczanie w nim takich przedmiotów jak: fizyka, metafizyka, kosmologia, etyka i psychologiaElżbieta Starek, Grzegorz Kotłowski, Łacińskie inskrypcje w kościołach Warmii. Katedra we Fromborku, Pelplin 2017, s. 204. Biskup nie żałował własnych dochodów na wyposażenie obrabowanych świątyń.