Mieli dwoje dzieci; w 1712 roku urodziła się Sophia Dorothea Louyse, a w 1718 roku syn Wilhelm Friedrich.
Poszukiwanie innego zatrudnienia thumb|Gänsemarktoper – wnętrze W roku 1718, gdy opera hamburska podupadła, opuścił miasto by szukać zatrudnienia. Jego droga wiodła przez Turyngię i Stuttgart. Z tego okresu przetrwały trzy manuskrypty sonat skrzypcowych. Podczas lata 1721 roku znów odwiedził Hamburg, ale już po kilku tygodniach wyruszył nagle do Danii. Cała Kopenhaga oklaskiwała występy jego hamburskiej trupy teatralnej. Powodem wyjazdu mogła być coraz silniejsza pozycja, jaką w Oper am Gänsemarkt zdobywał sobie Georg Philipp Telemann, zaangażowany przez magistrat w czasie nieobecności Keisera. Między 1721 a 1727 rokiem Keiser podróżował nieustannie między Hamburgiem a Kopenhagą. Duński król nadał mu tytuł mistrza Królewskiej Opery Duńskiej.
Po rozwiązaniu trupy Keiser znów powrócił do Hamburga, lecz sytuacja stała się dla niego trudna. Z okresu między 1722 a 1734 rokiem przetrwały trzy opery. Osobiste relacje między Keiserem a Telemannem pozostały dobre.