W roku 1908 otrzymał za to odkrycie Nagrodę Nobla w dziedzinie chemii.
Kolejnym osiągnięciem Rutherforda było dokonanie przemiany atomów azotu w atomy tlenu.
W roku 1919 Rutherford został szefem Laboratorium Cavendisha. Pod jego nadzorem prowadzono prace, które zostały nagrodzone trzema Nagrodami Nobla: James Chadwick zaobserwował eksperymentalnie neutrony; John Cockcroft oraz Ernest Walton rozbili jądro atomowe, korzystając z akceleratora cząstek; Edward Victor Appleton udowodnił istnienie jonosfery.
Rutherford miał przepuklinę pępkową, do której podtrzymywania nosił pas przepuklinowy. W październiku 1937 upadł podczas prac w swoim ogrodzie, co spowodowało uwięźnięcie przepukliny. Mimo operacji, wykonanej następnego dnia w Cambridge w sali operacyjnej domu opieki Evelyn Nursing Home (od 1983 The Evelyn Hospital), nastąpiło ogólne zakażenie organizmu, wskutek którego Rutherford zmarł wieczorem 19 października 1937.
Upamiętnienie thumb|Tablica na budynku laboratorium w Manchesterze, gdzie uczony prowadził badania
W 1997 roku jego nazwiskiem nazwano sztuczny pierwiastek 104 (łac.