W 1696 roku, dzięki funduszom Samuela Oppenheima, wnętrze uzupełniono monumentalnym trzystopniowym Aron ha-kodesz.
Klausowa była drugą główną synagogą praskiej gminy żydowskiej. Posługiwało w niej wielu znaczących rabinów, między innymi Eleazar Fleckeles. Służyła również jako miejsce modlitwy członków praskiego bractwa pogrzebowego Chewra Kadisza.
Przebudowa i asanacja W latach 1883–1884 synagogę przebudowano i odnowiono według projektu architekta Bedřicha Münzbergera, który uczestniczył także w tworzeniu wystroju Synagogi Hiszpańskiej. Zewnętrznej części budynku nadano wówczas bardziej historyzującą formę, a wnętrze otrzymało elementy neorenesansowe i rokokowe.
Podczas asanacji praskiego getta synagoga uniknęła rozbiórki. W przeciwieństwie do Cikánovej, Wielkodworskiej i Nowej Synagogi przetrwała przebudowę dzielnicy i pozostała jedynym zachowanym w Josefovie przykładem wczesnobarokowej architektury synagogalnej.
XX wiek Podczas II wojny światowej w synagodze mieściły się magazyn oraz ekspozycja wojennego Centralnego Muzeum Żydowskiego. Już w 1946 roku Państwowe Muzeum Żydowskie otworzyło tu wystawę poświęconą żydowskim świętom i obyczajom. Budynek remontowano w 1960 roku, w latach 1979–1981 oraz w 1983 roku, kiedy odnowiono aron ha-kodesz.