Józef Puzyna mieszkał w stolicy prawie przez całą wojnę aż do powstania warszawskiego. 10 września 1944 r. wyjechał z ogarniętej powstańczym wrzeniem stolicy. Odwiedzając po drodze zaprzyjaźnione osoby dotarł do Częstochowy, gdzie 1 grudnia 1945 r. podjął pracę w Wydziale Kultury i Sztuki tamtejszego magistratu. W Częstochowie w 1947 r. opublikował swoją ostatnią książkę: „Moje wspomnienia o Rodziewiczównie”. Tam zmarł i został pochowany na cmentarzu KuleGrób nie przetrwał do dziś zob. Juliusz Sętowski, Cmentarz Kule w Częstochowie: przewodnik biograficzny, Częstochowa 2005, s. 250..
Wybrane publikacje Ongi poezye, Warszawa - Lwów 1905. O pochodzeniu kniazia Fedka Nieświezkiego, Lwów 1911. Nieco faktów do sprawy Fedka Nieświzkiego, Lwów 1913. Krakowskie wesele, Fryburg 1916. Ojcze nasz, Fryburg 1916. Konrad: tragedja narodowa: trzy akty, Fryburg 1917. Księgi przyszłości polskiej, Szwajcaria 1918. Po drodze poezje (1895-1921), Warszawa 1922. Korjat i Korjatowicze, Wilno 1931. Nasze bolączki (przyczynki do przeżywanego kryzysu), Warszawa 1931. Kim był i jak się naprawdę nazywał Pukower, ojciec Gedymina, Wilno 1935. Korjat i Korjatowicze oraz sprawa podolska (uzupełnienie i poprawki do rozprawy pt.