Ciało pudu południowego pokrywa futro przybierające latem barwę rudą, zimą zaś ciemnobrązową. Bledsze jest na kończynach. Koźlęta cechują się nakrapianiem, ustępującym w wieku 3 miesięcy. Odróżnia to młode pudu południowego od nienakrapianych młodych pudu północnego.
Występuje duży gruczoł przedoczodołowy. Pysk mieści 32 zęby u dorosłego zwierzęcia. Głowa nosi poroże w postaci nierozgałęzionych kolców długości od 5 do 9 cm, maksymalnie do 10 cm. Pojawia się ono w wieku między 9 a 12 miesięcy i zrzucane jest synchronicznie co roku, między czerwcem a lipcem. W październiku nowe poroże zrzuca aksamitną skórę.
Występują gruczoły międzypalcowe niewielkiej wielkości. Kończyny wieńczą krótkie kopyta.
Systematyka Nowy gatunek opisał w 1782 Juan Ignacio Molina. Nadał mu nazwę Capra puda. Jako miejsce typowe podał Chile, „Cordigliera … delle Province Australi”, co w 1961 Cabrera uściślił do lasów wokół jeziora Lago Todos los Santos w prowincji Chiloé. Gatunek ten obrany został przez Graya gatunkiem typowym wprowadzonego przez niego w 1852 podrodzaju Pudu rodzaju Coassus. W 1870 Sclater podniósł ten podrodzaj do rangi osobnego rodzaju.