Działalność społeczno-polityczna W 1932 wstąpił do loży masońskiej „Wolność Przywrócona”. Po 1961 był w loży „Kopernik”, która działała w głębokim utajnieniu. Używał imienia zakonnego Konstanty Wagner.
W latach 50. nie przyjął funkcji prezesa stowarzyszenia ateistów. Wystąpił w obronie studentów w czasie wydarzeń marca 1968. W 1974 podpisał List 15, w sprawie sytuacji Polaków w ZSRR, czym naraził się władzom Uniwersytetu Warszawskiego posłusznym Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej. Z tego powodu, rok później, gdy zmarł, na Bramie Głównej Uniwersytetu Warszawskiego nie umieszczono jego klepsydry ani czarnej flagi – wbrew obowiązującemu zwyczajowi.
Ordery i odznaczenia Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (19 lipca 1954) „w 10 rocznicę Polski Ludowej za zasługi w dziedzinie nauki”.
Medal 10-lecia Polski Ludowej (19 stycznia 1955) strona 1635 - Uchwała Rady Państwa z dnia 19 stycznia 1955 r. nr 0/201 - na wniosek Ministra Szkolnictwa Wyższego. Złota Odznaka Towarzystwa Wiedzy Powszechnej
Upamiętnienie Od września 1983 Polskie Towarzystwo Astronomiczne wyróżnia wybitnych popularyzatorów astronomii, wręczając im numerowane medale im. Włodzimierza Zonna. Medal numer 0 wręczono wdowie po nim Elwirze Milewskiej-Zonn.