Timgad z czasem jednak podupadł i całkiem stracił swoje znaczenie. Stosunkowo szybko wówczas o nim zapomniano. Po upadku Rzymu miasto przeszło pod władzę Bizancjum i kiedy niedługo potem jego dużą część niszczyło trzęsienie ziemi, i tak trwała już agonia miasta. Gwałtownie zmalał eksport pszenicy, który stanowił podstawę gospodarki Afryki Północnej, klimat zrobił się suchszy, a źródła, z których miasto czerpało wodę, zaczęły wysychać. Straciło sens istnienie trzydziestokilometrowego systemu inżynieryjnego, który za pomocą akweduktów zaopatrywał w wodę baseny i fontanny. Ludzie porzucili miasto i zapomnieli o nim, a ponieważ w pobliżu nie było wody, chłopi nie osiedlali się w kolejnych wiekach wśród ruin i tym samym ich nie niszczyli. Dopiero po wielu wiekach przykryte pyłem i piaskiem Sahary ruiny wzbudziły zainteresowanie europejskich archeologów.
Stanowisko archeologiczne Timgad był w czasach swojej świetności typowym miastem rzymskim, został zaprojektowany przy użyciu linijki i cyrkla, co jest bardzo dobrze widoczne na zdjęciach lotniczych przedstawiających ułożenie miasta. Osadę przecinały dwie szerokie ulice spotykające się w centrum.