Dość powszechnym zastosowaniem MD5 jest generowanie skrótów wszelkiego rodzaju plików udostępnianych publicznie (najczęściej w Internecie), dzięki czemu osoba, która pobrała dany plik z sieci może od razu zweryfikować (generując skrót MD5 na swojej kopii i porównując wyniki), czy jest to ten sam plik, który został zamieszczony przez jego autora lub czy nie nastąpiły przekłamania podczas samego procesu pobierania danych. Publikowana w takim przypadku wartość ma postać 32-znakowej liczby w zapisie szesnastkowym.
Wynik MD5 dla archiwum "linux-2.6.10.tar.bz2" o wielkości 35 MB: cffcd2919d9c8ef793ce1ac07a440eda
Historia MD5 jest jednym z serii algorytmów zaprojektowanych przez profesora Rona Rivesta z MIT (Rivest, 1994). Poprzednikiem był algorytm MD4, który w wyniku analizy przeprowadzonej przez Hansa Dobbertina okazał się zbyt mało bezpieczny. Jego bezpiecznym następcą był MD5 opracowany w 1991.
W 1996 Dobbertin zaprezentował analizę kolizji algorytmu MD5. Chociaż nie był to jeszcze pełny atak na funkcję skrótu, to jednak wystarczył, aby specjaliści w dziedzinie kryptografii zaczęli stosować silniejsze odpowiedniki, takie jak SHA-1 lub RIPEMD-160.